在地方司法机构改革中,厘定官制大臣提出两条建议:一是每省各设高等审判厅,置审判官,受理上控案件,行政、司法各有专职;二是以按察司专管司法上之行政监督。这是仿照中央司法机构改革的模式,以高等审判厅为司法审判机构,按察司为司法行政机构,司法权与行政权分离,以实现地方上的司法独立。此举遭到地方督抚的反对,如湖广总督张之洞对此不以为然。他认为没有必要在按察司之外另设高等审判厅,“一省之中,臬司即是高等审判厅矣,另设一厅何为?”他尤其不能接受由高等审判厅独立承担司法审判而直接向法部负责、“督抚但司检察、不司审判”的说法,“假使万一采用其言,则以后州、县不亲狱讼,疆臣不问刑名”。显然,他所担心的就是司法独立削弱了地方督抚大臣的权力。
1907年7月,总司核定官制大臣奕劻等将地方官制改革情形上奏。关于司法机构改革,改各省按察司为提法司,改按察使为提法使,由提法使管理地方司法行政,并分设各级审判厅“以为司法独立之基础”,各省设立高等审判厅、地方审判厅、初级审判厅,“分别受理各项诉讼及上控事件”,即掌管地方各级司法审判。可见,司法机构改革的目的是要建立专门的司法行政与司法审判机构,使司法权脱离行政权的控制,以实现所谓的司法独立。随即,此奏得到清廷谕旨的批准。此后,司法独立便作为预备立宪的一项重要措施被逐步付诸实施。