1937年11月,金华不断遭受日机空袭。学校决定第3次迁校,从金华迁往江西赣州。
1938年1月底,正式复课。当时同济大学有学生1000多人,教师73人,其中德国教授13人。
在战乱中,同济大学一面搬迁,一面坚持教学工作,开展抗日救国活动。
1938年下半年,因战事关系,德国政府停止了给予教授的特种补助及其他补助金,于是,大部分德国教授相继回沪,中国教师挑起了教学的担子。
战火燃烧,势局突变,九江危急。同济大学又从赣州迁到了广西贺县的八步镇。其间,有千余公里的水路。同学们经过步行、乘车、坐船,前后花了3个多月的时间,忍饥挨饿到达了八步镇。
当学校前期人马刚刚迁到八步镇,正准备维修校舍复课时。日军大举进攻华南,广州沦陷,战事危急,又不得不再次搬迁。校方决定,搬迁到昆明。
同济大学从广西迁往昆明时,兵分两路:毕业班同学、女生、患病的学生和教职工为一路,乘汽车从柳州、南宁到龙州;另一路是男生组织的步行队,翻越十万大山到南宁后乘船到龙州。两路人马龙州会合,再乘汽车至越南同登,又换乘火车,从梁山、河内、老街至河口,进入云南。一路颠簸,一路风尘,于1939年春节,全校师生才陆续抵达昆明。