当时载淳年幼,“同道堂”印就落在生母慈禧皇太后手中,这为素有政治权欲的慈禧临朝预政提供了契机。1861年11月她拉拢慈安皇太后,联合恭亲王奕,于咸丰帝死后不久发动了辛酉政变,将辅政大臣斩首抄家,解职戍边,彻底肃清了政敌。
两位皇太后携载淳到养心殿东暖阁,正式垂帘听政,在皇帝宝座之后设两太后宝座,中间以八扇黄屏风隔开。为使此举更具合法性,恭亲王等人还制定了《垂帘章程》。但同治帝亲政不及两年,就因病而死。因无子嗣位,慈禧再次玩弄政治手段,选择同治帝年幼的叔伯兄弟载湉即位,称为光绪帝,使两宫皇太后二次垂帘终得以实现。
1881年慈安皇太后暴死,只剩慈禧一人垂帘听政。光绪帝成年亲政后,支持戊戌变法,尝试以康有为等人为首的资产阶级改良派发起的一次改良运动,目标为改变清朝祖制成法,因而招致慈禧等顽固派的忌恨。1898年9月21日,慈禧太后等人发动戊戌政变,将光绪帝幽禁于中南海瀛台,随即杀害策划变法的“戊戌六君子”,并通缉康有为和梁启超,罢免变法官员,戊戌变法彻底失败。解除了光绪帝的皇权后,慈禧再次临朝十年,称为“慈恩训政”,直至去世为止。慈禧通过垂帘听政,操纵同治、光绪两朝皇帝,掌握清朝朝政达四十七年之久。