南方局正式成立后,博古等人陆续到达重庆,开始时住在八路军驻渝办事处所在地机房街,后来机房街的房子在日机轰炸重庆时被炸毁,南方局和八路军办事处便搬到地处重庆郊区的红岩,驻扎在大地主饶国模的庄园里。饶国模虽然是地主,但本人开明进步,他的儿女都参加了共产党,因此很支持共产党的工作。
由于国民党不允许共产党的组织公开活动,所以南方局在领导整个南方白区党的工作中,始终处于秘密状态。红岩办事处的周围设有竹篱笆,当时叫它“竹城”。竹城外边驻扎着国民党宪兵三团的一个连,专门负责对中共的监视。南方局的工作人员都穿军装,戴臂章(十八G)。为避免发生意外,外出必须两三人以上同行,而且男性穿西装,女性穿旗袍。在敌人的严密监视下,一些统战工作大多在重庆城内曾家岩50号的周公馆完成。
这一时期,博古主要忙于党的建设工作,对贯彻中共中央六届六中全会精神,调整、配备和教育干部,整顿、发展壮大党的组织,建立健全党的地下交通,领导地下党贯彻执行隐蔽方针等,做了大量工作,并取得了较大成绩。