在地方司法机构改革中，厘定官制大臣提出两条建议：一是每省各设高等审判厅，置审判官，受理上控案件，行政、司法各有专职；二是以按察司专管司法上之行政监督。这是仿照中央司法机构改革的模式，以高等审判厅为司法审判机构，按察司为司法行政机构，司法权与行政权分离，以实现地方上的司法独立。此举遭到地方督抚的反对，如湖广总督张之洞对此不以为然。他认为没有必要在按察司之外另设高等审判厅，“一省之中，臬司即是高等审判厅矣，另设一厅何为？”他尤其不能接受由高等审判厅独立承担司法审判而直接向法部负责、“督抚但司检察、不司审判”的说法，“假使万一采用其言，则以后州、县不亲狱讼，疆臣不问刑名”。显然，他所担心的就是司法独立削弱了地方督抚大臣的权力。
1907年7月，总司核定官制大臣奕劻等将地方官制改革情形上奏。关于司法机构改革，改各省按察司为提法司，改按察使为提法使，由提法使管理地方司法行政，并分设各级审判厅“以为司法独立之基础”，各省设立高等审判厅、地方审判厅、初级审判厅，“分别受理各项诉讼及上控事件”，即掌管地方各级司法审判。可见，司法机构改革的目的是要建立专门的司法行政与司法审判机构，使司法权脱离行政权的控制，以实现所谓的司法独立。随即，此奏得到清廷谕旨的批准。此后，司法独立便作为预备立宪的一项重要措施被逐步付诸实施。
